Церковь знаменита своей уникальной барочной архитектурой, нетипичной для русского храмового зодчества, а также своей загадочной историей. На её месте в 1662—1690 годах действовала деревянная Ильинская церковь. Каменный храм был заложен 22 июля (1 августа) 1690 года. Время постройки — с 1690 по 1699, освящён храм в 1704 году.